Von der Pahlen oli Kuurinmaan kuvernöörinä vuosina 1795–1797. Hän sai ylennyksen kenraaliksi 1798. Seuraavana vuonna 1799 Venäjän keisari Paavali I korotti hänet ja kaikki hänen jälkeläisensä kreiviluokkaan. Tämän jälkeen von der Pahlen toimi Pietarin sotilaskuvernöörinä vuosina 1798–1801. Vuodesta 1800 hän toimi lisäksi Venäjän ulkoasiainkollegion presidenttinä sekä Vironmaan, Liivinmaan, Kuurinmaan, Inkerinmaan ja Viipurin kenraalikuvernöörinä. Hän johti vuonna 1801 Paavali I:tä vastaan solmittua salaliittoa, ja hänellä oli keskeinen osuus keisari Paavalin murhassa. Peter asui toimikautenaan Latviassa Kaucminden kartanossa, hänen isänsä oli Arend Diedrich von der Pahlen. Kreivi ja diplomaatti Peter von der Pahlen oli hänen poikansa.